Sukupuolivähemmistöt kohtaavat Suomessa monia ongelmia. Sukupuolivähemmistöön kuuluvat transsukupuoliset, intersukupuoliset ja muunsukupuoliset eli ihmiset, joita ei voida asettaa miehen tai naisen sukupuolikategoriaan. Sukupuolivähemmistöt ovat valtaosalle suomalaisista melko tuntemattomia, mistä kertoo paljon esimerkiksi se, että sukupuolivähemmistöjen oikeuksia ei ole turvattu edes syrjintää koskevassa lainsäädännössä eikä sukupuolivähemmistöistä ole mainintaa valtakunnallisessa yhdenvertaisuussuunnitelmassa. Sukupuolivähemmistöt ovatkin siis monilta osin lähes näkymättömässä asemassa suomalaisessa yhteiskunnassa.
Vaikka monet sukupuolivähemmistöjen edustajat kuuluvat myös johonkin seksuaalivähemmistöön, on väärin nähdä kaikki sukupuolivähemmistöjen edustajat seksuaalivähemmistöön kuuluvina. Monet sukupuolivähemmistöön kuuluvat henkilöt ovat heteroita eivätkä seksuaali- ja sukupuolivähemmistöjen kohtaamat ongelmat ole täysin samat, vaan ryhmillä on omia ryhmäkohtaisia ongelmia, jotka vaativat ratkaisuja.
Transsukupuolisuuden näkeminen mielenterveysongelmana
Transsukupuolisuus mielletään vanhentuneiden tautiluokitusten mukaan mielenterveysongelmaksi. Transsukupuoliset joutuvat usein kohtaamaan asiatonta kohtelua sosiaali- ja terveydenhuollon piirissä. Transfobia on edelleen yleistä ja se on saanut uudenlaisia ilmenemismuotoja. Transsukupuolisen julkitulo on vaikeata, sillä pelkona on se, että oman sukupuoli-identiteetin tuleminen julki vaikuttaisi kielteisesti ihmissuhteisiin ja henkilön omaan asemaan koulussa, työpaikalla ja perheessä.
Syrjinnän pelko osana elämää
Syrjinnän pelko osana elämääSyrjinnän pelko on todella suurta ja sen pelkääminen vaikuttaa ratkaisevasti siihen, valittaako sukupuolivähemmistöön kuuluva henkilö viranomaisilta saamastaan huonosta ja asiattomasta kohtelusta. Koska asiasta ei puhuta ääneen, syrjinnän kitkeminen on hidas ja haastava prosessi.
Lisääntymiskyvyttömyysvaatimus vastoin perus- ja ihmisoikeuksia
Nykyinen translaki säätää sen, että transihminen joutuu valitsemaan hoidon ja lisääntymiskyvyttömyyden välillä. Suomalaiseen lainsäädäntöön kirjattu lisääntymiskyvyttömyysvaatimus ei kuitenkaan ole eurooppalaisten ihmis- ja perusoikeuksien mukainen, vaan sitä on kritisoitu todella paljon. Lukuisat kansalaisjärjestöt ovatkin kampanjoineet sen puolesta, että translain muuttaminen otettaisiin mahdollisimman nopeasti eduskunnan käsittelyyn.
Intersukupuolisten lasten asema
Kansalaisjärjestöt ovat kampanjoineet myös sen puolesta, että intersukupuolisten lasten hoitokäytänteitä alettaisiin uudistamaan. Nykyään intersukupuolisten lasten sukupuolielimet muokataan kirurgisesti näyttämään ulkomuodoltaan jommankumman sukupuolen sukupuolielimiä. Kirurgiseen muokkaukseen sisältyy kuitenkin paljon ongelmia, sillä lapsi ei pääse itse päättämään omasta kehostaan, mikä voi johtaa myöhemmän sukupuoli-identiteetin ristiriitaan. Esimerkiksi Euroopan neuvosto onkin ilmaissut huolensa intersukupuolisten lasten sukupuolielinten kirurgista muokkausta vastaan. Sen mukaan Euroopan unionin jäsenmaiden tulisi lopettaa intersukupuolisten lasten sukupuolielinten kirurginen muokkaaminen.